"ANA förnekar kategoriskt anklagelserna från ASPP om att ANA pressar regeringen och PSP att minska gränskontrollen på Humberto Delgado Airport", sade en officiell källa från ANA Aeroportos de Portugal, i ett svar som skickades till nyhetsbyrån Lusa.
Flygplatschefen betonade att gränskontrollen är statens exklusiva ansvar och att den inte har "någon som helst inblandning" i hur den utförs.
"Genom att registrera väntetider på över två timmar vid ankomster, och nå fyra timmar, har ANA framför allt uttryckt sin stora oro för passagerarna", betonade det, och beklagade att "ASPP inte delar denna oro och visar total likgiltighet för så långa väntetider."
På lördagen bad ASPP/PSP regeringen att inte ge efter för påstådda påtryckningar från ANA Aeroportos om att lätta på gränskontrollen i Lissabon i syfte att minska väntetiderna.
I ett uttalande sade ASPP/PSP att man var medveten om att ANA Aeroportos de Portugal "har utövat påtryckningar på den allmänna säkerhetspolisen och regeringen för att lätta på kontrollerna vid gränsen i Lissabon, i ett tydligt försök att minska väntetiderna".
PSP-facket ansåg att det var "obegripligt och oacceptabelt att regeringen" skulle ge efter för ett privat företag "vars enda syfte är att öka sina vinster", vid en tidpunkt då den verkställande makten har definierat invandringskontroll som en av sina prioriteringar.
Enligt ASPP/PSP är det "tekniskt omöjligt" att garantera den säkerhets- och kontrollnivå som krävs enligt Schengenförordningen och samtidigt påskynda flödet av resenärer på Lissabons flygplats "utan att utsätta hela den europeiska gemenskapen för risker".
Facket varnade för att "poliserna som tjänstgör vid gränserna är utmattade", eftersom en så stor volym passagerare aldrig har registrerats, och detta fortsätter att öka.
ASPP/PSP konstaterade att "det saknas erkännande och ekonomisk kompensation" för dessa agenter och betonade att man "kommer att göra allt för att se till att en privat operatör inte stör viktiga offentliga tjänster, särskilt när det gäller att skydda den nationella säkerheten och Schengenområdet".
I början av juni sade infrastruktur- och bostadsministern Miguel Pinto Luz att problemen med köer på flygplatserna i Lissabon och Faro skulle lösas inom de närmaste två veckorna efter att ett nytt system tagits i drift.
Dessa uttalanden kom efter att det under de föregående veckorna successivt publicerats bilder på långa köer av passagerare från länder utanför Schengenområdet på flygplatserna i Faro och Lissabon, som väntade i flera timmar på att få genomgå immigrationskontroll.